Mata kuliah ini membahas latar belakang, tujuan dan ruang lingkup ekofsiologi pohon, perkembangan dan pertumbuhan pohon, fiksasi karbon pada pohon, hubungan air dan pohon, serapan hara dan distribusinya, hubungan hara nitrogen di dalam pohon, produk sekunder dari pohon, hormon dan diferensiasi vascular.

Mata kuliah ini membahas pendahuluan (defenisi, fungsi, luas dan distribusi), karakteristik biologi, karakteristik lingkungan, karakteristik flora dan fauna, peranan ekologi ekosistem, respon ekosistem terhadap stress, arahan ekologis dalam pengelolaan ekosistem mangrove dan rawa gambut.

Mata kuliah ini memberikan pengetahuan tentang pengertian ekosistem hutan tropika, ekologi populasi dan ekologi komunitas, struktur dan fungsi ekosistem hutan tropika, metoda dan teknik pengukuran, tipe-tipe ekosistem hutan tropika, keseimbangan karbon pada pohon dan ekosistem hutan tropika, siklus hara pada ekosistem hutan tropika, dan hubungan vegetasi dengan perubahan iklim. 

Mata kuliah ini mempelajari pengertian tentang restorasi,  perbedaan antara restorasi dengan rehabilitasi,  reklamasi dan revegetasi,  konsep restorasi lahan-lahan marginal, kaedah-kaedah ekologi yang dipakai dalam merestorasi hutan terdegradasi, tahapan dalam merestorasi lahan hutan dan lahan pasca tambang,  pemahaman proses suksesi dalam restorasi,  kriteria pemilihan jenis, deskripsi lahan yang akan direstorasi, perbaikan lahan yang akan direstorasi, lay out jenis dan teknik penanaman, pemeliharaan dan monitoring keberhasilan restorasi lahan terdegradasi.

Mata kuliah ini mengenalkan jenis/faktor (biotik, fisik dan sosial) penyebab gangguan pada hutan. Menguraikan mekanisme timbulnya gangguan oleh setiap jenis/faktor penyebab gangguan. Menguraikan jenis ragam dampak gangguan (biologis, fisik, ekonomi dan sosial), langsung dan tidak langsung, pada hutan dan pengguna jasanya.

Mata kuliah ini membahas latar belakang, tujuan dan ruang lingkup teknologi mikoriza, Status Penelitian Mikoriza di Indonesia dan Dunia, Perkembangan teknologi molekuler dalam Penelitian Mikoriza, pentingnya mikoriza dalam pembangunan hutan dan rehabilitasi hutan terdegradasi, macam-macam mikoriza, teori dasar pembentukan mikoriza,  peranan mikoriza dalam pertumbuhan tanaman, hubungan antara mikoriza dengan mikroorganisme lain, teknik eksplorasi, seleksi, pengujian dan produksi inokulum mikoriza,  serta aplikasi mikoriza pada tanaman kehutanan, perkebunan dan lahan bekas tambang.

Mata ajaran ini memberikan pengetahuan tentang peran jasad renik bagi kesehatan hutan, yaitu meningkatkan ketersediaan dan serapan air dan unsur hara, sebagai pengurai serasah dan sisa-sisa tegakan, serta sebagai antagonis terhadap organisme perusak tegakan hutan, beserta ciri-ciri umum dan siklus hidup jasad renik tersebut, dari kelompok bakteri, fungi, virus, dan mikoplasma

Mata kuliah ini menjelaskan tentang hubungan antara kebakaran hutan dan komponen lingkungan yang terganggu, akibat timbulnya kebakaran hutan pada lingkungan tertentu cenderung akan mengganggu dan merusak komponen penyusunannya seperti tanah gambut, vegetasi, mikroorganisme, serangga, satwa liar, manusia, dan kualitas udara, baik yang bersifat lokal spesifik maupun bersifat global.

Mata kuliah ini memberikan pengetahuan dan melatih berpikir ilmiah dengan kerangka pikir dan etika yang bersifat ilmiah, prosedur penelitian, penyusunan proposal penelitian, penyusunan artikel ilmiah dan presentasi karya ilmiah.

Mata kuliah ini membahas pemanfaatan sumberdaya genetik tanaman hutan berkelanjutan, yang meliputi definisi sumberdaya genetik beserta status dan ancamannya, genetika populasi, variasi genetik, konservasi genetik, seleksi, pemuliaan tanaman secara umum, pengunaan penanda molekuler guna keperluan sidik jari tanaman. 

Mata kuliah ini membahas topik-topik tentang aplikasi biologi molekuler tanaman dan genetika pada program pemuliaan pohon dan bioteknologi kehutanan; karakteristik molekuler, program seleksi bantu penanda molekuler, diagnostik molekuler, kultur jaringan dan sel tanaman hutan, metabolit sekunder, cloning dan transformasi tanaman. 

Mata kuliah ini memberikan pengetahuan tentang pendahuluan (pengertian dan batasan ilmu tanah hutan, tanah dan sistem perakaran, biogeokimia hutan, dan pengaruh gangguan hutan terhadap tapak hutan, pengelolaan nutrisi hutan, produktivitas hutan jangka panjang. 

Mata kuliah ini membahas latar belakang, tujuan dan ruang lingkup silvikultur hutan tropika (SHT), hubungan antara silvikultur dengan manajemen hutan dan kaitannya dengan pengelolaan hutan yang lestari (sustainable forest management), dinamika hutan, pemantauan kesehatan hutan, hubungan antara pertumbuhan pohon dan praktek silvikultur dan sistem silvikultur daerah tropika di dunia.

Mata kuliah ini membahas konsep sistem agroforestri, sistem agroforestri di Indonesia, fungsi sistem agroforestri dalam produktivitas dan perlindungan tanah, aspek ekologi, ekonomi-bisnis dan sosial-budaya sistem agroforestri, desain sistem agroforestri, dan riset sistem agroforestri.

Mata ajaran ini memberi pengetahuan tentang pentingnya arti budidaya jamur dari segi ekonomi, jenis, biologi dan ekologinya; tahap budidaya jamur, meliputi ekologi jamur yang penting di alam, pembuatan bibit jamur, penyediaan substrat dan fermentasi atau komposisi; menguji kondisi substrat, penanaman bibit pada substrat, pemeliharaan dan perlakuan khusus; usaha dalam skala besar, medium atau kecil; hama dan penyakit jamur serta pengendaliannya.